Profilo

Sono un scientist nell’ambito del drug discovery e biologia strutturale computazionale presso Janssen Pharmaceuticals. Più precisamente utilizzo strumenti informatici e computazionali per ottimizzare l’affinità di piccole proteine verso diversi targets e per ottimizzare la gestione di dati sperimentali tramite software di data analytics. Possiedo un solido background scientifico che mi ha aiutato a sviluppare le mie capacità di esporre dati complessi in modo organico.
L’attività che più mi contraddistingue consiste nell’ideazione, implementazione e validazione di tecniche di simulazione di molecole ma anche, in passato, su modelli di crescita tumorale utilizzando diversi linguaggi di programmazione e scripting (C++, Fortran, Python, Bash) in ambito Linux anche su architetture parallele. Tuttavia sono stato di applicare le mie conoscenze in ambiti molto diversi, come la gestione del flusso di dati proveniente da esperimenti.
Sono uno degli sviluppatori di PLUMED (www.plumed-code.org), un codice open source in C++ per la modellistica molecolare che conta più di un migliaio di utenti.

Esperienza e formazione

2013-2015: Staff scientist molecular modeling, Janssen Prevention Center (già Crucell vaccine Institute), Leiden, Olanda

Il mio progetto principale consiste nel raffinamento di una infrastruttura innovativa basata su scripts in Perl che coordinano un software in C++ per ingegnierizzare piccole proteine per targets di interesse farmaceutico. Ho contribuito alla riorganizzazione ed loro inserimento in un sistema di revision control (GIT). Ho portato tale infrastruttura in ambito cloud (Amazon EC2, Linux AMI) e ho provveduto a complementarla con nuovi scripts in Python, che fanno uso delle API del software di modeling Pymol. All’interno dello stesso progetto mi sono occupato della integrazione del software di visualizzazione con Excel. Un brevetto è in fase di ultimazione.
Più recentemente mi sto occupando della riorganizzazione dello stock management e dell’ottimizzazione dell’analisi dei dati provenienti da esperimenti ELISA tramite software di data analytics (Spotfire) in ambito Windows. Inoltre fornisco supporto per l’analisi strutturale di proteine per diversi gruppi all’interno dell’istituto.

2011-2013: Postdoc, Max Planck Institute for Biophysics, Francoforte sul Meno, Germania

In qualità di postdoctoral fellow del gruppo di “Theoretical Molecular Biophysics” ho ideato, sviluppato ed applicato un nuovo software per il calcolo della energia libera di transizioni conformazionali in macromolecole. Tale software consiste in uno script in Python che utilizza librerie Numpy, e che coordina processi multipli esterni su cluster Linux, ne recupera i risultati, esegue l’analisi e procede ad una nuova iterazione dell’intero processo in base a vari criteri decisionali. Parte del lavoro è consistito nell’adeguamento di software esterno open source in C per interfacciarsi correttamente via file con il processo in Python.
Oltre a ciò ho contribuito alla gestione del software sul cluster Linux locale tramite utilizzazione del software “module” per la gestione degli environment per diversi applicativi.

2009-2011:  Junior Postdoc, Italian Institute of Technology, Genova, Italia

Nel gruppo di Chimica Computazionale ho sviluppato tecniche per il calcolo dell’energia libera applicate a reazioni chimiche e catalisi enzimatica, con una particolare attenzione allo sviluppo di nuovi farmaci. Ho sviluppato scripts di bash in ambiente Linux che coordinano programmi di chimica quantisitca in modo distribuito su un cluster Linux e scritto programmi di analisi dati per la produzione e validazione dei risultati finali.
Sono stato co-advisor di due studenti di PhD e ho potuto insegnare meccanica statistica alla scuola di dottorato.
Oltre a cio’ ho contribuito alla gestione e mantenimento del software sul cluster Linux locale e della gestione delle licenze del software.

2004-2009: PhD. in chimica, Eidgenössische Technische Hochschule di Zurigo, Svizzera

In questa veste di dottorato ho lavorato con il Prof. Michele Parrinello e di approfondito la mia conoscenza nelle scienze computazionali, nella chimica fisica e in particolare nei metodi per il calcolo dell’energia libera applicati a sistemi di interesse biologico. Sono potuto entrare in contatto con le metodologie di sviluppo di software scientifico (Fortran/C) e programmazione parallela (MPI/OpenMP) in ambito Unix e Linux su cluster di grandi dimensioni.
2003-2004: Internship at Mario Negri Institute for Pharmacological Research, Milano, Italia
Qui ho potuto apprendere le basi della biologia e contribuire con lo sviluppo di un software per la modelIizzazione della crescita di cellule tumorale e dell’effetto dei farmaci su di esse (Excel/VBA ambito Windows).
1997-2002: Laurea (vecchio ordinamento) in Scienze dei Materiali, Universita’ di Milano-Bicocca, Italia
Lavoro di tesi in ambito computazionale riguardante calcoli di struttura elettronica di superfici di silicio (100) con adsorbimento di idrogeno. Voto finale: 110/110 cum laude.
1992-1997: Liceo scientifico “Marie Curie”, Meda, Italia
Voto finale 50/60.

Conoscenze informatiche

Sistemi operativi: MacOsX, Linux/Unix. Windows (user level).
Linguaggi di programmazione: C, C++, Fortran77, Fortran90. Comprensione di base dei paradigmi MPI and OpenMP per la programmazione parallela.
Linguaggi di scripting: Bash, Python, Tcl, Perl.
Debugging e ottimizzazione: Gdb, Valgrind, Instruments.
IDE: Xcode.
Revision control: Git.
Strumenti di analisi dati: Matlab, Xmgrace, Gnuplot, MS Excel, TIBCO Spotfire.
Strumenti di editing: Latex, MS Powerpoint, MS Word, Apple Keynote, HTML.
Conoscenze linguistice
Italiano (lingua madre).
Buona conoscenza dell’inglese scritto (anche scientifico) e parlato.
Conoscenza di base del Tedesco e dell’Olandese.

Associazioni

Sono membro dell’ American Chemical Society da 4 anni e sono reviewer per il “Journal of the Chemical Theory and Computation” e per il “Journal of Chemical Information and Modeling”.
Attività accademica
Sono autore di più di venti pubblicazioni su giornali internazionali in ambito di modellistica molecolare e termodinamica statistica (https://scholar.google.nl/citations?user=GpufydoAAAAJ&hl=en&oi=ao). Ho contribuito ad organizzare 5 tutorials principalmente riguardanti il codice PLUMED di cui sono co-autore (http://www.plumed-code.org/). Ho presentato il mio lavoro a conferenze internazionali in più di 20 occasioni.

Grants

HPC Europa 2 Transnational Access visit grant in 2011 (appl. n. 867).

Hobbies

Suonare la chitarra. Escursionismo e running (3 mezze-maratone completate). Pasta fatta in casa.

Altre informazioni rilevanti

Data di nascita:             18 Febbraio 1978
Nazionalita’:                   Italiana
Residente in:                  Leiden, Olanda
Stato civile:                    coniugato
– Linux
– Unix
– C++
– C
– Python
– Bash
– tcl
– MacOsX
– Matlab
– Fortran77
– Fortran90
– MPI
Attualmente risiedo all’estero e sono interessato per motivi familiari a rientrare in Italia.